プロローグ　七平とは何者なのか
第１章　社会現象としての『日本人とユダヤ人』―謎のユダヤ人イザヤ・ベンダサンが、見えない宗教「日本教」を発見した衝撃
第２章　「三代目キリスト教徒」の異常体験―日本社会のなかの「異教徒」として過ごした、山本七平の幼少年期の秘密にせまる
第３章　『私の中の日本軍』と果てしない論争―フィリピンのジャングルの中で、絶望的な戦いを強いられた七平は何を手にしたのか
第４章　名著『「空気」の研究』はいかにして生まれたか―日本人を支配してやまない「空気」。その本当の恐ろしさを七平自身の言葉から読む
第５章　山本書店店主と『日本資本主義の精神』―鋭く日本社会を分析した七平の目は、戦後日本の繁栄とその急速な没落を見抜いていた
第６章　二十年かけた『現人神の創作者たち』―戦時中、若者たちの血を要求した「現人神」の謎を、孤独な探究が解き明かしていた
第７章　戦後社会と『昭和天皇の研究』―戦前・戦中の昭和天皇の「おことば」を分析し、近代日本と立憲君主制の本質を洞察
第８章　『禁忌の聖書学』と日本人―七平が心に秘めたキリストへの信仰と、日本繁栄への思いは根底でつながっていた
エピローグ―七平が洞察した「未来」の日本